Filminhalt: Steve Zissou (Bill Murray) hat seine beste Zeit hinter sich. Der letzte Film des Abenteurers und Filmemachers lief leider nur mit mäßigem Erfolg - und das obwohl das Team Zissou sich unter Einsatz des eigenen Lebens auf das weite Meer getraut hat. Leider wurde dabei Steves Partner von einem Riesen-Jaguarhai getötet. Allerdings wurde dies nur höchst unspektakulär auf Zelluloid gebannt.
Das schreit nach Rache - und nach einer Fortsetzung. Doch woher das Geld nehmen? Da kommt es Steve Zissou gerade recht, dass der junge, etwas naive Pilot Ned (Owen Wilson) auftaucht und behauptet, er wäre Zissous lang verschollener Sohn. Ob das stimmt? Egal. Rote Mütze auf, Vermögen eingesackt, an Bord und ab aufs Wasser. Dem Jaguarhai auf der Spur.