Filminhalt: Agent Jay (Will Smith) ist auf sich allein gestellt nachdem sein Lehrmeister und Partner Agent Kay (Tommy Lee Jones) bei den MIB ausgeschieden ist um ein geruhsames Leben als Postbeamter zu fristen. Nach Standard-MIB-Vorschrift ist er natürlich 'geblitzdingst' worden und hat alles über Alien-Jagden und außerirdische Bedrohungen vergessen.
Bei einem eigentlich harmlosen Routinefall stößt Jay nun aber auf eine große extraterrestrische Gefahr, die sich in Form des als Dessous-Modell getarnten Alien Serleena (Lara Flynn Boyle) materialisiert. Sie sucht auf der Erde das Licht von Zartha um mit dessen Hilfe das Universum zu unterjochen.
Allerdings ist der einzige, der mehr über das Licht von Zartha weiß, eben der lobotomierte Agent Kay, der sich selbst auch nach der Deneuralisation nicht mehr an den Vorgang erinnert, da er sich aus einem nicht bekannten Grund damals die Erinnerung noch einmal zusätzlich ausgebrannt hatte. Zum Glück hat er aber zahlreiche Eselsbrücken verteilt, die Jay und Kay nun auf eine gefährliche Schnitzeljagd schicken. Doch dann greift Serleena sogar die MIB-Zentrale an...