Filminhalt: Wir erinnern uns an Teil 1 der Reihe: Die New Yorker Großstadt-Zootiere Löwe Alex, Zebra Marty, Giraffe Melman und Nilpferddame Gloria hat es durch einen unglücklichen Zufall nach Madagaskar verschlagen.
Zu Beginn dieses Teils verlassen die vier zusammen mit Lemuren-König Julien und dem Pinguin-Kommando in einem alten Flugzeug die Insel. Leider geht auch dieses Mal einiges schief und die Truppe stürzt mitten über der afrikanischen Savanne ab. Dort geraten sie mitten in die Intrigen um die Herrschaft über die wilden Tiere im Reservat.