Filminhalt: Neo (Keanu Reeves) hat die Wächter in der realen Welt durch die Kraft seiner Gedanken besiegt und ist ins Koma gefallen. Sein Geist befindet sich nun im Niemandsland zwischen Matrix und Maschinenwelt. Mit Hilfe des Merowingers (Lambert Wilson) können Morpheus (Laurence Fishburne) und Trinity (Carrie-Anne Moss) ihn dort befreien.
Währenddessen rüstet sich Zion zum letzten Gefecht. Die Bohrmaschinen sind fast bis zur unterirdischen Stadt durchgebrochen. Ihnen folgt eine gigantische Armee aus Wächtern, und die freien Menschen haben dank des außer Kontrolle geratenen Programms Smith (Hugo Weaving) keine Schiffe mit EMP mehr.
Auch in der Matrix selbst läuft nicht alles zum besten, da sich dort Smith mittlerweile unkontrolliert ausgebreitet hat und bald in der Lage sein wird, die von ihm verhasste Matrix selbst zu zerstören.
Die einzige Hoffnung für die Rettung von Zion und die Menschen in der Matrix scheint Neo zu sein, der zusammen mit Trinity versucht, die "Quelle" im Herzen der Maschinenstadt zu finden.