Filminhalt: Irgendwann in nicht allzu ferner Zukunft werden auf einem Raumschiff im Orbit der Erde Experimente mit Schimpansen und anderen menschenähnlichen Affen durchgeführt. Sie werden ausgebildet Raumsonden zu fliegen, um in Gefahrenzonen eingesetzt zu werden, in die kein Mensch geschickt werden kann. Ausbilder ist Leo Davidson (Mark Wahlberg), ein junger Pilot, der eigentlich viel lieber selbst fliegen würde. Als dann sein Musterschüler auf einem Flug in einen Magnetsturm in Schwierigkeiten gerät, setzt er sich über die Vorschriften hinweg und fliegt selbst hinaus, um den Schimpansen zu retten.
Auf diesem Flug geschieht das, was alle Zuschauer erwarten. Davidson gerät selbst in den Sturm und verliert die Kontrolle über sein Schiff. Ein kurzer Blick auf die Datumsanzeige (welchen Zweck diese sonst verfolgt, ist mir schleierhaft) zeigt in die Höhe schnellende Zahlen, bevor Davidson in die Atmosphäre eines Planeten eintaucht, in einem Dschungel unsanft landet und sein Schiff in einem Tümpel versenkt.
Kaum aus den Fluten aufgetaucht, findet er sich in einer Masse flüchtender Menschen wieder, deren Beispiel er schnell folgt, als er sieht, wer sie verfolgt: Affen! Affen in Rüstungen, mit Netzen und Waffen ausgerüstet, um die Menschen als Sklaven zu fangen.
Auch Davidson wird gefangen und in die Stadt der Affen gebracht. Der weibliche Affe, oder sagen wir die Äffin, Ari (Helena Bonham Carter), eine Senatorentochter und durch diesen Status relativ sicher, zweifelt an der Richtigkeit der Unterdrückung der Menschen durch die Affen und rettet Davidson aus den Klauen des Sklavenhändlers. Aus ihrem Haus kann Davidson fliehen, jedoch nicht ohne sie zur Fluchthilfe zu überreden. Nachdem Davidson auch seine Ausrüstung aus dem abgestürztes Schiff rettet, macht sich eine kleine Gruppe aus Affen und Menschen auf den Weg in die verbotene Zone, aus der der Astronaut Signale seinen Mutterschiffs empfängt. Doch was sie dort finden, entspricht nicht ihren Erwartungen...
Der Widersacher von Davidson ist der Affengeneral Thade (brillant wie immer: Tim Roth), der einen eingefleischten Hass gegenüber den Menschen hegt, und immer wieder deren Ausrottung vom Senat fordert. Als Ari verschwindet, hat er ein Mittel, diese Zustimmung zu erlangen. Und so macht auch er sich mit einer Armee von Affen auf die Jagd nach diesem ungewöhnlichen Menschen, nachdem er von seinem sterbenden Vater (Charlton Heston, der 68'er Astronaut auf dem Planet der Affen) die Wahrheit über Menschen und Affen erfährt.